进行博物馆商业秘密保护，首先应准确识别博物馆非专利技术和经营信息中的商业秘密部分，进而对其采取适度的保密措施。防止博物馆商业秘密泄露和发生商业秘密泄露时及时采取有效的维权措施是博物馆商业秘密保护的两个维度。防止博物馆商业秘密泄露可分别从博物馆内部管理和博物馆对外合作管理两方面采取措施：对内主要通过建立严格的保密制度，增加保密措施；对外通过加强合作过程中的商业秘密控制并签订保密协议，增加合作方的违约成本等方式实现。博物馆的保密措施也是维权过程中，证明商业秘密“保密”性的重要证据。
　　1.博物馆内部保密制度与保密措施
　　博物馆可通过制定保密制度，划定保密区域并实行严格管理，对博物馆内部人员进行涉密管理，签订员工保密协议或竞业禁止协议，建立专门的保密管理机构等方式加强博物馆内部保密能力。保密制度建设与采取各种形式保密措施的目标是通过对博物馆内部的有效管理，实现博物馆商业秘密有序和有效的保护，同时为博物馆商业秘密维权时举证“秘密性”提供依据。
　　（1）建立并强化保密制度。
　　博物馆应当建立商业秘密保护制度，而且应该使商业秘密保护制度与博物馆其他制度互相融合、互相补充。博物馆保密制度应该合法、合理并且具备实际可执行性。博物馆保密制度应包含博物馆商业秘密范围、商业秘密管理者及责任、商业秘密载体保密管理制度、商业秘密对外交流要求、涉密活动及会议管理制度、商业秘密档案管理制度、商业秘密申报与审查程序、保密义务和奖惩、职工聘期商业秘密归属等内容。
　　（2）实施严格的保密区域管理。
　　区域管理是指博物馆对涉密工作划定便于独立管理的专门区域。专门区域可以是某一个楼层，也可以是某部分可以独立管理的办公区。区域管理措施包括：在涉密区域内安装电子监控、防盗系统和人员身份识别设备，禁止非涉密部门人员随意进出涉密区域；实行博物馆访客登记制度，设置人员进出检查，对来访者拍照、摄像和录音设备限制进入或提供寄存服务，来访者须由涉密区域职工带领进入并全程陪同；博物馆涉密区计算机设置密码，对重要文件进行加密，将文件设置为禁止复制或更改，必要时拆除USB接口和光盘刻录；涉密计算机的维修应由博物馆设备专门维修人员进行操作，如需要外部维修人员进行修理应提前拆除存储设备；博物馆应对拟报废计算机的存储设备进行技术性清理，并禁止博物馆涉密计算机连接互联网等。
　　（3）提高博物馆员工的保密意识，强化涉密员工的日常管理。